結論から言えばここに書いてある通りでした。
Unix 以外だと runtimepath を確認するように記述がありますが、Mac でも Linux でも ~/.vim 以下に ftplugin ディレクトリを作成すれば問題なさそうです。
例えば yaml のインデントをホワイトスペースx2にするには以下のファイルを置けばよいです。
$ vi ~/.vim/ftplugin/yaml.vim
setlocal tabstop=2
setlocal softtabstop=2
setlocal shiftwidth=2
Tips
- runtimepath は Vim 上で "set runtimepath" で確認できます。
- ファイルタイププラグインの例は Vim 上で "edit $VIMRUNTIME/ftplugin/" で見つけることができます。